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• 2025.04

  -

  Now

  札幌医科大学   医学部附属研究所免疫学研究所分子医学部門/医学部病理学講座病理第一分野   助教

• 2023.11

  -

  2025.03

  札幌医科大学   医学部附属研究所免疫学研究所分子医学部門/医学部病理学第一講座   特任助教

• 2022.06

  -

  2023.10

  Sapporo Medical University   Research Institute for Frontier Medicine   特任助教

• 2020.04

  -

  2022.05

  Sapporo Medical University   医学部 病理学第一講座   特任助教

• 2016.04

  -

  2020.03

  プリンセスマーガレットがんセンター   平野研究室   博士研究員

Research Areas 【 display / non-display 】

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• Life sciences   Molecular biology  

• Life sciences   Immunology  

• Life sciences   Orthopedics  

Affiliation 【 display / non-display 】

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• Sapporo Medical University   Research Institute for Frontier Medicine   特任助教  

Research Interests 【 display / non-display 】

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• 腫瘍免疫学

• 骨軟部肉腫

• 養子免疫療法

• T細胞受容体

Papers 【 display / non-display 】

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• Landscape mapping of shared antigenic epitopes and their cognate TCRs of tumor-infiltrating T lymphocytes in melanoma.

  Kenji Murata, Munehide Nakatsugawa, Muhammed A Rahman, Linh T Nguyen, Douglas G Millar, David T Mulder, Kenji Sugata, Hiroshi Saijo, Yukiko Matsunaga, Yuki Kagoya, Tingxi Guo, Mark Anczurowski, Chung-Hsi Wang, Brian D Burt, Dalam Ly, Kayoko Saso, Alexandra Easson, David P Goldstein, Michael Reedijk, Danny Ghazarian, Trevor J Pugh, Marcus O Butler, Tak W Mak, Pamela S Ohashi, Naoto Hirano

  eLife   9  2020.04  [International journal]

  Authorship：   Lead author

  　View Summary

  HLA-restricted T cell responses can induce antitumor effects in cancer patients. Previous human T cell research has largely focused on the few HLA alleles prevalent in a subset of ethnic groups. Here, using a panel of newly developed peptide-exchangeable peptide/HLA multimers and artificial antigen-presenting cells for 25 different class I alleles and greater than 800 peptides, we systematically and comprehensively mapped shared antigenic epitopes recognized by tumor-infiltrating T lymphocytes (TILs) from eight melanoma patients for all their class I alleles. We were able to determine the specificity, on average, of 12.2% of the TILs recognizing a mean of 3.1 shared antigen-derived epitopes across HLA-A, B, and C. Furthermore, we isolated a number of cognate T cell receptor genes with tumor reactivity. Our novel strategy allows for a more complete examination of the immune response and development of novel cancer immunotherapy not limited by HLA allele prevalence or tumor mutation burden.

  DOI PubMed

• SMU-pRMS: a novel cell line of pleomorphic rhabdomyosarcoma

  Naoya Nakahashi, Makoto Emori, Yasutaka Murahashi, Kazuyuki Murase, Junya Shimizu, Kenji Murata, Tomohide Tsukahara, Shintaro Sugita, Kousuke Iba, Kohichi Takada, Makoto Osanai, Atsushi Teramoto

  Human Cell ( Springer Science and Business Media LLC )  38 ( 5 )  2025.07

  DOI

• The size of CD8+ infiltrating T cells is a prognostic marker for esophageal squamous cell carcinoma

  Kengo Shigehara, Noriko Kawai, Tomohide Shirosaki, Yuma Ebihara, Aiko Murai, Akari Takaya, Serina Tokita, Kenta Sasaki, Naoki Shijubou, Terufumi Kubo, Kenji Murata, Takayuki Kanaseki, Tomohide Tsukahara, Yutaka Hatanaka, Tomoko Mitsuhashi, Toshiaki Shichinohe, Yoshihiko Hirohashi, Satoshi Hirano, Toshihiko Torigoe

  Scientific Reports ( Springer Science and Business Media LLC )  15 ( 1 )  2025.07

  DOI

• An SNP-dependent cancer-testis antigenic epitope serves as a promising immunotherapeutic target for cancer

  Kenji Murata, Tomoyuki Minowa, Tomohide Tsukahara, Taku Yoshida, Akiko Minami, Munehide Nakatsugawa, Yuka Mizue, Aiko Murai, Serina Tokita, Kenta Sasaki, Hisashi Uhara, Terufumi Kubo, Takayuki Kanaseki, Toshihiko Torigoe, Yoshihiko Hirohashi

  OncoImmunology ( Informa UK Limited )  14 ( 1 )  2025.07

  Authorship：   Lead author  , Corresponding author

  DOI

• Large number of CD68+/CD163+ Hofbauer cells and characteristic vascular structural alterations in the placental villi of cases with placenta accreta spectrum.

  Hazuki Kashiwagi, Kengo Shigehara, Terufumi Kubo, Yoshihiko Hirohashi, Tasuku Mariya, Kazuhiko Matsuo, Tomoyuki Minowa, Shin-Ichi Ishioka, Kenji Murata, Takayuki Kanaseki, Tomohide Tsukahara, Tadashi Hasegawa, Tsuyoshi Saito, Toshihiko Torigoe

  Medical molecular morphology    2025.03  [Domestic journal]

  　View Summary

  Placenta accreta spectrum (PAS) is a serious disease leading to complications and maternal death. The objective of the study was to characterize the placental villi and blood vessels of PAS villi histopathologically. We investigated 10 cases of PAS (five cases of placenta increta, two cases of placenta accreta, and three cases of placenta percreta) histologically. Immunohistochemical staining using anti-CD68 or anti-CD163 antibodies was performed to detect and count Hofbauer cells. Immunohistochemical staining with an anti-CD34 antibody was used to detect vascular endothelial cells, and the number and area of vessels were analyzed. The numbers of CD68-positive or CD163-positive Hofbauer cells were larger in PAS cases compared with control cases. The vascular area in villi was smaller in PAS cases compared with control cases. The number of blood vessels in villi was slightly higher in PAS cases than in control cases. The numbers of Hofbauer cells and vessels in villi were larger in PAS cases compared with control cases, whereas the area of vessels in villi was smaller in PAS cases compared with control cases. Although their biological meaning is elusive, these findings provide novel insights into the pathogenesis of PAS, particularly regarding the role of Hofbauer cells in immune-suppressive role and angiogenesis and the alterations in vascular structure and hemodynamics in the chorionic villi.

  DOI PubMed

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Books and Other Publications 【 display / non-display 】

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• 次世代CAR-T細胞

  村田 憲治, 平野 直人( Part： Contributor, TCR-T細胞療法の現状と期待：適応拡大と有効性向上のための新技術)

  羊土社  2023.11 ISBN: 9784758125734

Misc 【 display / non-display 】

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• Comprehensive single-cell immune profiling of tumor-infiltrating lymphocytes in acral melanoma

  箕輪智幸, 箕輪智幸, 村田憲治, 廣橋良彦, 宇原久, 鳥越俊彦

  日本病理学会会誌   112 ( 1 )  2023

  J-GLOBAL

• Development of HLA-A2/Claspin peptide-specific antibodies targeting platinum-resistant cancer cells

  水江由佳, 廣橋良彦, 塚原智英, 金関貴幸, 久保輝文, 村田憲治, 鳥越俊彦

  日本病理学会会誌   112 ( 1 )  2023

  J-GLOBAL

• Roles of tumor microenvironment in cancer immunity

  廣橋良彦, 久保輝文, 村田憲治, 金関貴幸, 塚原智英, 鳥越俊彦

  日本病理学会会誌   111 ( 1 )  2022

  J-GLOBAL

• Neoantigen identification and reactive TCR analysis in CRC tissue using a proteogenomic approach

  時田芹奈, 時田芹奈, 金関貴幸, 村田憲治, 中津川宗秀, 平間知美, 平間知美, 佐藤昇志, 佐藤昇志, 秦史壯, 鳥越俊彦

  日本病理学会会誌   111 ( 1 )  2022

  J-GLOBAL

• Immunopathology research toward the development of next-generation immunotherapy of cancer

  鳥越俊彦, 廣橋良彦, 塚原智英, 金関貴幸, 久保輝文, 村田憲治

  日本病理学会会誌   111 ( 2 )  2022

  J-GLOBAL

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Industrial Property Rights 【 display / non-display 】

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• T細胞受容体及びその使用方法

  平野 直人, 村田 憲治, 佐相 薫葉子

  Patent

  J-GLOBAL

• T細胞受容体及びその使用方法

  平野 直人, 村田 憲治, 佐相 薫葉子

  Patent

  J-GLOBAL

• T細胞受容体及びその使用方法

  平野 直人, 村田 憲治, 佐相 薫葉子

  Patent

  J-GLOBAL

• ペプチド-HLA複合体およびその産生方法

  平野 直人, 中津川 宗秀, ラフマン ムハンメッド アアシク, 村田 憲治

  Patent

  J-GLOBAL

• T細胞受容体及びその使用方法

  平野 直人, 村田 憲治, 佐相 薫葉子

  Patent

  J-GLOBAL

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Awards 【 display / non-display 】

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• Research award

  2018   北海道整形災害外科学会   Identification of a novel human T cell population with the characteristics of stem-like chemo-resistance.

Research Projects 【 display / non-display 】

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• cDNAディスプレイペプチドライブラリー搭載改変HLAを用いた骨軟部肉腫抗原探索

  基盤研究(C)

  Project Year :

  2025.04

  -

  2028.03

   

  村田 憲治

  Authorship： Principal investigator

• Development of a peptide/HLA complex isolation system enabling comprehensive sarcoma antigen analysis

  Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

  Project Year :

  2023.04

  -

  2025.03

   

  村田 憲治

  Authorship： Principal investigator

  　View Summary

  骨軟部肉腫疾患（以下、肉腫）に対する既存の免疫療法の奏効率はいまだ低く、効果的ながん免疫療法を行うためには、治療標的として有効な肉腫抗原と抗腫瘍効果の高いエフェクター細胞が必要である。悪性黒色腫患者に対する腫瘍浸潤Tリンパ球（TIL）を用いた養子免疫療法（TIL療法）は、持続的な臨床効果をもたらすことが報告されている。そして、悪性黒色腫のTILから単離されたTCRがすべて腫瘍に反応することを示されている。軟部肉腫に含まれるTILが腫瘍反応性であることも示されており、悪性黒色腫と同様に肉腫TIL由来のTCRも肉腫抗原に対して反応を示す可能性が高い。 本研究では、効果的な免疫療法の開発に向けて、新たに考案したペプチド/HLA単離システムを用いて肉腫浸潤Tリンパ球由来のTCRが反応する新規肉腫抗原を同定することである。 骨肉腫の切除検体からTILを分離して単細胞レベルでのTCRレパトアと遺伝子発現解析を行なった。CD8陽性で、PD-1や4-1BBを発現しているTCRレパトアが存在し、腫瘍を認識している可能性が高いT細胞集団であった。複数のTCRを選択し、TCR遺伝子導入T細胞（TCR-T細胞）を各々作成した。自家腫瘍細胞株を樹立できなかったため、他科家細胞株に患者HLAを単一発現させ、標的細胞を作成した。TCR-T細胞と共培養して免疫応答を確認し、陽性反応の検出を試みている。また、抗原同定の新技術開発も進めている。

• 腫瘍反応性TCRをプローブとして用いた新たな肉腫抗原同定法の開発

  日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療加速化研究事業(P-PROMOTE)

  Project Year :

  2022

  -

  2023

   

  村田 憲治

• 抗肉腫ヒト人工T細胞療法に向けたTCR・抗原ペア網羅的解析プラットフォーム開発

  若手研究

  Project Year :

  2021.04

  -

  2023.03

   

  村田 憲治

  　View Summary

  骨軟部肉腫は若年者に多く発生する悪性度の高い希少がんであり、化学療法に反応しない進行期肉腫患者の予後は不良である。近年、「がん免疫療法」は飛躍的に進化し、手術療法、抗がん剤治療、放射線治療の3大治療に次ぐ第4の治療法として注目をされており、ステージ 4 のがん患者でも劇的回復を示す症例がみられる。肉腫に対しては、がん精巣抗原の一つである NY-ESO-1 を標的として、T 細胞受容体（TCR）遺伝子を導入した T 細胞(TCR-T 細胞)を用いた T 細胞輸注療法が末期滑膜肉腫の 50%以 上に部分効果を示すことも報告されている。しかしながら、他の難治性肉腫疾患に対する既存の免疫療法の奏効率はいまだ低く、さらに肉腫に発現する特異抗原とそれを認識するTCR遺伝子の報告は少ない。 本研究の目的は、骨軟部肉腫に対する効果的な遺伝子改変T細胞療法の実行化に向けて、肉腫浸潤Tリンパ球（TIL）由来の肉腫反応性TCRが認識する抗原を同定するための新たな解析プラットフォームを開発することである。 平滑筋肉腫2症例（LMS02、LMS07）の切除検体からTILを分離して10x Genomics社のChromium Controllerを用いて単細胞レベルでのTCRレパトアと遺伝子発現解析を行なった。いずれもTCRのクローナリティが高いT細胞が存在し、さらにそれらは活性化マーカーや疲弊マーカーの発現がやや高く、腫瘍を認識している可能性が高い細胞集団であった。CD8陽性で、PD－1陽性かつ4-1BB陽性のTCRをサブクローニングし、TCR-T細胞を作成した。このTCRを抗原探索のプローブとして用い、新たな肉腫抗原を同定する。

• Immune response of tumor-infiltrating T lymphocytes in sarcoma using single-cell analysis

  Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

  Project Year :

  2020.09

  -

  2022.03

   

  MURATA Kenji

  　View Summary

  We isolated tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) from a myxoinflammatory fibroblastic sarcoma tissue and performed single-cell analyses of the TILs. CD8+ T cells were dominant in the TILs, and top two T-cell receptors (TCRs) were more than 40% of CD8+ T cells. CD8+ TILs of high TCR clonality did not express memory markers, but highly expressed exhaustion markers, activation makers, and cytokine genes, suggesting that these TCRs might recognize tumors.